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＞ 科学技术局

└ 巴州科学技术局职责

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＞ 住房和城乡建设局（人民防空办公室）

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＞ 交通运输局

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＞ 农业农村局

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＞ 文化体育广播电视和旅游局（文物局）

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＞ 卫生健康委员会

└ 巴州卫生健康委员会

＞ 退役军人事务局

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＞ 应急管理局

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＞ 外事办公室

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＞ 审计局

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＞ 国有资产监督管理委员会

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＞ 市场监督管理局（知识产权局）

└ 巴音郭楞蒙古自治州市场监督管理局

＞ 统计局

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＞ 医疗保障局

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＞ 机关事务管理局

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＞ 信访局

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＞ 林业和草原局

└ 巴音郭楞蒙古自治州林业和草原局

＞ 数字化发展局

└ 巴州数字化发展局